PanNature được hình thành từ cuối năm 2004 bởi các sáng lập viên có cùng mong muốn thành lập một tổ chức phi lợi nhuận do chính người Việt Nam quản lý và điều hành. Mục tiêu đặt ra là hình thành tổ chức với lực lượng trẻ có tâm huyết để tìm kiếm những giải pháp khả thi nhằm cân bằng mối quan hệ giữa con người và thiên nhiên đã và đang bị phá vỡ bởi các áp lực từ các hoạt động phát triển kinh tế và các nhân tố thị trường.